Table 14.3. Positional weight matrices (profiles) for a variety of features associated
with human genes. Positions are labeled by various biological conventions. Entries
are probabilities. Intron profiles are for low %G+C loci. 
All data are taken from Zhang (1998).

Branch profile
  -5   -4   -3   -2   -1   0    +1
A 0.25 0.25 0.00 0.00 0.39 1.00 0.18
C 0.19 0.22 0.60 0.02 0.24 0.00 0.33
G 0.15 0.17 0.00 0.00 0.32 0.00 0.03
T 0.41 0.36 0.40 0.98 0.05 0.00 0.46

5' Splice site profile (low G+C):
  -3   -2   -1   0    +1   +2   +3   +4   +5
A 0.38 0.62 0.12 0.00 0.00 0.71 0.73 0.11 0.21
C 0.31 0.10 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.06 0.10
G 0.18 0.12 0.77 1.00 0.00 0.24 0.08 0.75 0.14
T 0.13 0.16 0.07 0.00 1.00 0.03 0.13 0.08 0.55

3' Splice site profile (low G+C):
  -15  -14  -13  -12  -11  -10  -9   -8   -7   -6   -5   -4   -3   -2   -1   0    +1
A 0.15 0.14 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.26 0.07 1.00 0.00 0.26 0.24
C 0.24 0.21 0.20 0.22 0.21 0.22 0.25 0.28 0.28 0.25 0.22 0.25 0.55 0.00 0.00 0.11 0.15
G 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.05 0.05 0.15 0.01 0.00 1.00 0.50 0.20
T 0.51 0.53 0.57 0.58 0.59 0.59 0.54 0.50 0.51 0.59 0.63 0.33 0.37 0.00 0.00 0.13 0.41

TATA box profile
  -3   -2   -1   0    +1   +2   +3   +4   +5   +6   +7   +8   +9   +10  +11
A 0.12 0.06 0.69 0.02 0.70 0.57 0.69 0.42 0.24 0.13 0.20 0.18 0.19 0.18 0.15
C 0.39 0.22 0.04 0.15 0.06 0.06 0.09 0.05 0.18 0.35 0.36 0.31 0.32 0.30 0.30
G 0.35 0.15 0.07 0.11 0.12 0.05 0.16 0.26 0.46 0.41 0.34 0.34 0.31 0.35 0.36
T 0.14 0.57 0.20 0.72 0.12 0.32 0.07 0.27 0.12 0.12 0.11 0.17 0.17 0.18 0.19

Start site profile
  -9   -8   -7   -6   -5   -4   -3   -2   -1   0    +1   +2   +3
A 0.21 0.15 0.21 0.21 0.18 0.24 0.57 0.31 0.15 1.00 0.00 0.00 0.26
C 0.28 0.38 0.38 0.24 0.35 0.49 0.05 0.43 0.53 0.00 0.00 0.00 0.20
G 0.31 0.27 0.22 0.42 0.27 0.22 0.36 0.17 0.27 0.00 0.00 1.00 0.41
T 0.19 0.20 0.19 0.13 0.20 0.05 0.02 0.10 0.04 0.00 1.00 0.00 0.10